본 문제의 정답은 ③ ㄷ, ㄹ 입니다. 각 지문에 대한 판례 중심의 상세한 해설은 다음과 같습니다.

ㄱ. 양벌규정에 따른 사업주의 공소시효 정지 여부 (틀림)

• 판례의 태도: 대법원은 "형사소송법 제253조 제2항의 ‘공범’에는 양벌규정에서 사업주와 행위자 관계에 있는 사람은 포함되지 않는다"라고 판시하였습니다[1]. 양벌규정에 따라 처벌되는 사업주는 행위자의 위반행위를 방지하기 위한 주의와 감독을 게을리한 데 대한 직접책임(자기책임)에 기초하여 처벌되는 것이므로, 공동의 구성요건을 실현하는 공범관계와 동일하게 볼 수 없기 때문입니다[1].
• 사안의 적용: 행위자인 사용인 甲에 대한 공소제기(2022. 12. 16.)가 있었다 하더라도, 사업주인 乙주식회사에 대한 공소시효는 정지되지 않습니다[2]. 乙주식회사에 대한 공소시효 기산일은 2018. 3. 9.이고 공소시효 기간은 5년이므로, 공소시효 만료일은 2023. 3. 9.입니다[2]. 따라서 검사가 2023. 3. 15.에 乙주식회사를 기소한 것은 공소시효가 완성된 이후에 공소를 제기한 것에 해당합니다[2].

ㄴ. 컴퓨터 문서 파일 작성 및 이메일 송부 행위의 사문서위조죄 성립 여부 (틀림)

• 판례의 태도: 대법원은 "형법상 문서에 관한 죄에 있어서의 ‘문서’란 문자 또는 가독적 부호에 의하여 사상 또는 관념을 표시한 물체를 말하고, 의사표시가 물체에 고정되어 계속성을 가질 것을 요한다"라고 하면서, "컴퓨터 모니터 화면에 나타나는 이미지는 전자기록인 이미지 파일을 보기 위한 프로그램을 실행할 때마다 순간적으로 전자적 반응을 일으켜 영상을 만들어 내는 것에 지나지 않아 문자 등이 계속적으로 화면에 고정된 것이라 할 수 없으므로 위 이미지를 문서라고 할 수 없다"라고 판시하였습니다[3].
• 사안의 적용: 甲이 컴퓨터를 이용하여 추천서를 '문서 파일' 형태로 작성한 뒤 이메일로 송부한 행위는 형법상 '문서'에 관한 죄인 사문서위조죄 및 위조사문서행사죄를 구성하지 않습니다[3]. (해당 행위는 사전자기록위작죄 및 위작사전자기록행사죄 등 전자기록에 관한 죄의 성립 여부가 문제 될 뿐입니다.)

ㄷ. 단순폭행과 존속폭행이 동일 습벽의 발현인 경우의 죄수 (옳음)

• 판례의 태도: 대법원은 "단순폭행, 존속폭행의 범행이 동일한 폭행 습벽의 발현에 의한 것으로 인정되는 경우, 그중 법정형이 더 중한 상습존속폭행죄에 나머지 행위를 포괄하여 하나의 죄만이 성립한다"고 판시하였습니다[4].
• 사안의 적용: 甲이 폭행 습벽의 발현으로 존속인 모친 A를 폭행하고(존속폭행), 옆집 노인 B를 폭행한(단순폭행) 행위는 동일한 폭행 습벽에 기한 것이므로, 법정형이 더 무거운 상습존속폭행죄의 포괄일죄에 해당합니다.

ㄹ. 상습존속폭행죄로 공소장변경 후 피해자의 처벌불원의사 표시와 공소기각판결 여부 (옳음)

• 판례의 태도: 형법 제260조 제3항에 따라 단순폭행죄나 존속폭행죄는 피해자의 명시한 의사에 반하여 공소를 제기할 수 없는 반의사불벌죄이지만, 형법 제264조의 상습폭행죄 및 상습존속폭행죄는 반의사불벌죄가 아닙니다[4].
• 사안의 적용: 당초 반의사불벌죄인 존속폭행죄로 기소되었더라도 제1심 진행 중 반의사불벌죄가 아닌 상습존속폭행죄로 공소장변경이 이루어졌다면 심판 대상은 상습존속폭행죄가 됩니다. 따라서 제1심판결 선고 전에 피해자 A가 처벌불원의사를 밝혔더라도, 법원은 이를 이유로 형사소송법 제327조 제6호에 따른 공소기각판결을 선고할 수 없으며 본안판결을 선고하여야 합니다.

---

본 답변은 판례 및 관련 법령에 기초하여 작성된 일반적인 정보 제공 목적의 자료입니다. 구체적인 사안에 대한 최종적인 법적 판단과 대응은 반드시 최신 법령 원문과 확정된 법원 판결을 추가로 확인하시기 바랍니다.